コンビナトリアル技術

新規合成した遺伝子ライブラリ // JP2016527313
低いエラー率を有する、核酸の新規合成された大きなライブラリが本明細書で提供される。さらに、オリゴヌクレオチドなどの、高品質の構築ブロックの製造のためのデバイスが、本明細書に記載される。より長い核酸が、マイクロ流体アセンブリを使用して、平行して合成され得る。さらに、本明細書の方法は、長い、高品質の遺伝子の大きなライブラリの速い構成を可能にする。長い且つ高品質の核酸の大きなライブラリの製造のためのデバイスは、本明細書でさらに記載される。
【選択図】図3
仮想スクリーニング用の演算による炭素及びプロトンnmr化学シフトベースのバイナリフィンガープリント // JP2016523375
本発明は、創薬における仮想ハイスループットスクリーニングのためのNMR化学シフトベースのバイナリフィンガープリントを生成及び解析するための方法を開示している。また、本発明は、基本的な骨格及び足場に加えて分子の様々な性質をコードする要素を有するNMR化学シフトベースのバイナリフィンガープリントを解析し、特定の生物活性クラスの傾向を決定する方法を提供する。
微生物マーカーおよびその使用 // JP2016520314
開示されるのは、原核生物の16SリボソームRNAにおける1個以上の一塩基多型および/または真核生物の5.8SリボソームRNAにおける1個以上のSNPを使用して、微生物を同定および/または分類する方法である。また開示されるのは、これらの方法に有用なプローブ、プライマーおよびキットである。
相互作用する構成要素を有する生体分子を同定するための方法、システム、およびソフトウェア // JP2016511884
本発明は、生物学的に関係するデータ空間を迅速かつ効率的に検索する方法を提供する。より具体的には、本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有する、あるいはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性の関係性をモデリングする方法を提供する。本発明は、本明細書に提供される方法を行うためのデジタルシステムおよびソフトウェアをさらに提供する。
固形支持体でのサンプル調製 // JP2016508715
表面に5'-タグ付けされた二重鎖標的DNAの固定化ライブラリーを生成するために固定化されたトランスポサーゼおよびトランスポゾン端部を使用するための方法および組成物が提供される。本方法は、大規模並列DNA配列決定を含め、種々のプロセスで使用するために、5'および3'タグ付されたDNAフラグメントを生成するのに有用である。
定方向進化のためのライブラリーの作製方法 // JP2016507252
本明細書に開示されるのは、定方向進化に使用し得るものなど、目的配列の変異体のライブラリーを作製する効率的方法である。一実施形態において、本方法は、目的配列の二本鎖DNA変異体を作製するための増幅反応、例えばエラープローンPCRを含み、その後、dsDNA変異体の一方の鎖が選択的に分解され、一本鎖DNA変異体を生成し得る。ssDNA変異体は、ssDNA媒介体、例えばウラシル化環状ssDNA媒介体にハイブリダイズされ、ヘテロ二本鎖DNAを形成し、これは細胞、例えば大腸菌細胞に形質転換され、変異体のライブラリーをもたらし得る。この方法は、多くの従来の方法に必要とされた、非効率的なサブクローニングステップ、及び高価なプライマーセットに対する必要性を排除する。
【選択図】なし
免疫レパートリーを評価するための方法 // JP2016506750
T細胞およびB細胞集団由来のRNAを増幅し、増幅されたRNA産物を使用して、正常または異常な免疫反応と、自己免疫疾患、癌、糖尿病、または心臓疾患などの疾患の発症との間の可能性のある相関関係を評価するための方法を開示する。
ゲノムアセンブリ及びハプロタイプフェージングの方法 // JP2016506733
本開示は、de novoゲノムアセンブリを大きく加速し、改善する方法を提供する。本明細書に開示する方法は、1つ以上の対象由来のゲノムの迅速且つ安価なde novoアセンブリを可能にするデータ分析方法を利用する。本開示は、本明細書に開示する方法がハプロタイプフェージング及びメタゲノミクス分析を含めた様々な適用に使用し得ることを更に提供する。
【選択図】図4
乗法形式のモデルを使用して生体分子を同定する方法、システム、およびソフトウェア // JP2016504924
本発明は、複雑な生体分子ライブラリーまたはこのようなライブラリーのセットから、所望の特性を有するまたはこのような特性の取得に最も適した生体分子を同定する方法を提供する。より具体的には、本発明の一部の実施形態は、乗法項を含む配列−活性モデルを構築し、該モデルを使用して定向進化を誘導する方法を提供する。一部の実施形態において、配列−活性モデルは、それらの各々が活性に対する2個以上の定義された残基の寄与を表す相互作用係数を含む、1つ以上の相互作用項を含む。一部の実施形態において、モデルは、タンパク質配列または核酸配列とタンパク質活性との間の関係を記載する。一部の実施形態において、本発明は、また、段階的加算または減算技法、ベイジアン回帰、アンサンブル回帰および他の方法が挙げられるがこれらに限定されない、配列−活性モデルを調製する方法を提供する。
アレイ合成および生体分子解析のための、支持体、システム、および方法 // JP2016503447
製剤、支持体、およびアレイを本明細書において開示する。ある特定の態様において、支持体およびアレイは、ポリマーまたは生体分子を合成および取り付けるための多孔層を含む。製剤、支持体、および多孔性アレイを含むアレイを製造および使用するための方法もまた本明細書において開示する。一段階カップリングのための製剤および方法、例えば、ペプチドをN→C方向に合成するための製剤および方法もまた本明細書において開示する。一部の態様において、生体分子を支持体と高効率でカップリングするための製剤および方法を本明細書において開示する。
抗体特異性をリダイレクトするための高親和性アダプター分子 // JP2016163565
【課題】血中抗体と標的分子の双方に結合して、血中抗体の特異性を標的分子にリダイレクトする高親和性アダプター分子、およびその高親和性アダプター分子を同定する方法の提供。
【解決手段】標的分子に高い親和性または選択性で結合するペプチド標的化部分、血中抗体に特異的に結合するリガンド部分、および標的化部分をリガンド部分に結合するリンカー部分を含む高親和性アダプター分子。また候補標的化ペプチド集団をコードする無作為化ライブラリを提供する段階、高い親和性および/または選択制で標的分子に結合する標的化ペプチドをディスプレイライブラリから選択する段階、候補アダプター分子を形成するように連結部分を介してリガンド部分に標的化ペプチドを連結する段階、および候補アダプター分子の血中抗体の特異性を標的分子にリダイレクトする能力を評価する段階を含む、抗体特異性をリダイレクトできる高親和性アダプター分子を同定する方法。
【選択図】なし
核酸ライブラリーの作製方法 // JP2016127851
【課題】液滴内でDNA断片をシークエンサー上で配列決定する方法の提供。
【解決手段】(a)液滴アクチュエーターを準備する工程;(b)DNAサンプルの処理のために、トランスポザーゼ液滴及びDNAサンプル液滴を、オイルと接触した液滴操作間隙中に分配する工程;(c)トランスポザーゼ及びトランスポゾン末端を含む前記トランスポザーゼ液滴を、オイルと接触した前記DNAサンプル液滴と混合して、標識DNA断片を含む結合液滴を生成する工程;(d)標識DNA断片のPCR増幅を実行する工程;(e)標識DNA断片を精製する工程;(f)精製標識DNA断片を、サンプル回収出力を介して除去する工程;及び(g)精製標識DNA断片をシークエンサー上で配列決定する工程;を含む、方法。
【選択図】なし
組合せ抗体ライブラリー及びその使用 // JP2016127850
【課題】組合せ抗体ライブラリー及びその使用の提供。
【解決手段】ヒト生殖細胞系セグメントから組合せ抗体ライブラリーを生成する方法を提供する。また、VL鎖をコードする生殖細胞系セグメントから集められた核酸分子のライブラリー及びVH鎖をコードする核酸分子ライブラリー及び得られた抗体ライブラリーも提供する。前記ライブラリーは、アドレス可能なライブラリーとして提供される。標的タンパク質の抗原に対する抗体ライブラリーをスクリーニングする方法及び同定又は選択される抗体を提供する。
【選択図】なし
虚血性疾患および他の疾患を治療するための薬剤および方法 // JP2016117713
【課題】虚血の治療又は予防のための医薬組成物の提供。
【解決手段】次式(VI)で示される化合物を含む医薬組成物。


「式中、X'は、H、ヒドロキシル、C1-C6アルコキシ、又はC1-C6アルキル;Yは、H、ヒドロキシル、C1-C6アルコキシ、又はC1-C6アルキル;Q及びQ'は、ハロゲンを示す]
【選択図】なし
抗dll4抗体及びその使用 // JP2016040246
【課題】血管新生に関連する抗Notchリガンドのデルタ様4(DLL4)抗体及びDLL4に関連した疾患又は障害における治療薬として抗DLL4抗体の使用法の提供。
【解決手段】特定の配列を有するanti-DLL4抗体または抗原結合性破片。抗DLL4抗体又はヒトDLL4に特異的に結合するその抗原結合フラグメント。相補決定領域を有しており、重鎖CDRH1、重鎖CDRH2、重鎖CDRH3、軽鎖CDRL1、軽鎖CDRL2又は軽鎖CDRL3の少なくとも1つを含む抗DLL4抗体。
【選択図】なし
低減された免疫原性を有する抗体を同定するための方法 // JP2015537190
基準抗体と比較して低減された免疫原性を有する、基準抗体の変種を同定する方法について記載する。さらに、基準抗TNF-α基準抗体と比較して低減された免疫原性を有する、基準抗TNF-α抗体の変種について記載する。
核酸の標準化された配列決定のための方法およびその使用 // JP2015535431
標準化された核酸の配列決定に関する方法およびその使用が記載される。遺伝情報の同定は多くの疾患の診断および処置のための情報の重要な部分になりつつある。そのような診断ツールをすぐに利用できるようにするため、この同定は可能な限り効率的かつ安価であることが望ましい。
【選択図】図1
生体分子解析のための方法、システム、およびアレイ // JP2015531486
製剤、支持体、およびアレイを本明細書において開示する。製剤、支持体、およびアレイを製造および使用するための方法もまた、本明細書において開示する。障害の診断および治療に有用なペプチド配列を特定するための方法、ならびに障害、例えば、セリアック病の診断および治療のためにペプチド配列を使用するための方法もまた開示する。ある特定の態様において、支持体およびアレイは、ポリマーまたは生体分子を合成および取り付けるための多孔層を含む。
アレイに基づく分析方法 // JP2015528693
本発明は、分子特性及び/又は反応条件を分析する方法であって、第1の表面を有する第1のストアを準備する工程であって、サンプル分子の特定の選択物を規定の配置にて表面に直接的又は間接的に結合させる、工程と、少なくとも2つのトランスファーストアを生成させる工程であって、少なくとも2つの更なる表面を準備する、工程と、トランスファー反応、増幅反応、及び/又は誘導体化反応を含む群から選択される反応工程であって、これにより、生成物分子が生じることができ、かつ、生成物分子及び/又はサンプル分子が表面に結合し、第1のストアのサンプル分子とトランスファーストアの生成物分子及び/又はサンプル分子との間に明確な空間的関連が存在する、工程とを含み、そして、第1のストア、トランスファーストア、サンプル分子、生成物分子、トランスファー反応、増幅反応、及び/又は誘導体化反応が分析される、方法に関する。
【選択図】図1
バイオマーカシグネチャを生成するためのシステムおよび方法 // JP2015527636
本明細書で説明されるシステムおよび方法は、再現可能および解釈可能な遺伝子シグネチャの両方を生成するための技法を含む。本技法は、データセットを再サンプリングし、高い出現頻度を有する遺伝子を選択することを伴う。特定すると、本明細書で説明されるシステムおよび方法は、データセットの繰り返しのサンプリング、繰り返しのサンプリングプロセスを通して生成される遺伝子シグネチャにおける発生頻度に基づいて遺伝子をランク付けすること、および、最良の遺伝子シグネチャを反復して選択することを含む。
マイクロアレイ用結合エンコード法 // JP2015523575
本発明は、試料中の1種以上の標的分析物の存在を検出するために使用されるマイクロアレイのエンコード及びデコードの方法に関する。これらの方法に従って製造されるマイクロアレイ及びその使用がさらに開示される。
【選択図】図6
具現化された化学合成を含む進化的合成の方法 // JP2015520674A
本発明は、ユーザ仕様を満たす、又は超える1又は2以上の特徴を有する化合物又は生成物を調製するための方法であって、化学的入力の第1の組合せを、任意選択で物理的入力と共に選択し、それらの入力を反応空間に供給して、それにより第1の生成物を産生するステップと、産生された生成物の1又は2以上の特徴を分析するステップと、1又は2以上の特徴を、ユーザ仕様と比較するステップと、化学的入力の第2の組合せであって、第1の組合せとは異なる第2の組合せを、任意選択で物理的入力と共に選択する遺伝的アルゴリズムを使用し、それらの入力を反応空間に供給して、それにより第2の生成物を産生するステップと、産生された第2の生成物の1又は2以上の特徴を分析するステップと、産生された1又は2以上の特徴を、ユーザ仕様と比較するステップと、化学的及び/又は物理的入力のさらなる個々の組合せのために、選択するステップ及び分析するステップを反復し、生成物のアレイを提供するステップとを含み、フロー化学システムが、連続的に動作して、第1、第2及びさらなる生成物を提供し、それにより、ユーザ仕様を満たす、又は超える1又は2以上の生成物を特定する方法を提供する。
癌におけるエピジェネティックな欠陥を修復するためのエフェクタータンパク質相互作用のリプログラミング // JP2015515448
【課題】 本発明は、エピジェネティックマークリーダーまたはイレーザを、コグネイト(または自然な)マーク以外のエピジェネティックマークを認識するように「リプログラミング」する方法を提供する。
【解決手段】 前記リーダーまたはイレーザのリプログラミングにより、癌等のある種の疾病状態の原因となり得る異常ライター活性(例えば、機能喪失または過剰活性)の影響を相殺できる。本発明はまた、このような疾病状態の治療における、これらの方法で同定されたリプログラミング化合物の使用も提供する。これらの方法の標的とすることができるマークリーダーの例として、BPTFおよびCBX2が挙げられる。
【選択図】図1
基材上にタンパク質の微細構造グラフティングを行うための装置 // JP2015512984
本発明は、基材上に複数のタンパク質の微細構造グラフティングを行う装置に関し、これは、基材(7)と、膜と、マトリクス(10)と、光源(9)と、光学システム(11)と、第一の水溶液を受ける第一の容器(1)と、第二の水溶液を受ける第二の容器(2)と、微少流体回路と、を含み、膜は基材上に配置され、光源はマトリクスを光で照明するのに適しており、マトリクスは光を第一の構造化パターンで伝播するのに適しており、マトリクスは第一の構造化パターンを第二の構造化パターンと交換するための光学的手段を含み、光学システムは膜上に、第一のパターンの第一の微細構造画像を形成するのに適しており、回路は第一の水溶液を収容するのに適しており、回路は、その開口部において第一の溶液を膜と接触させるための開口部を含み、回路は第一の溶液を第二の溶液と交換するための微少流体手段を含み、膜はポリエチレングリコールを含む。
生物学的反応システムのための被覆されている基材 // JP2015512508
生物学的反応のための装置が、提供される。この装置は、基材と、この基材内の複数の反応サイトとを含む。基材の表面は第1の親水性を有するように構成され、複数の反応サイトの各表面は、第2の親水性を有することにより、実質的に多くの数の反応サイトに試料体積を充填するように構成される。各充填されている反応サイトの試料体積は、そのそれぞれの反応サイトに実質的に制限される。試料体積は、反応サイト内で生物学的反応を経るように構成される。
液体試料を充填するためのシステムおよび方法 // JP2015511016
基材内の複数の反応サイトの中に液体試料を充填するための試料ローダーが、提供される。試料ローダーは第1のブレードと、第1のブレードに結合された第2のブレードとを含む。試料ローダーは、複数の反応サイトを含む基材に液体試料を分注するように構成されている第1のブレードと第2のブレードとの間の流路をさらに含む。さらに、さまざまな実施形態において、液体試料は、第1のブレードおよび第2のブレードと85+/−15度の前進接触角を有する。さらに、流路から複数の反応サイトに分注される液体試料の充填は、毛管作用に基づいていてもよい。
基板、ペプチドアレイ、および方法 // JP2015509583A
本願には、配合物、基板およびアレイが開示されている。また、本願には、配合物、基板およびアレイを製造および使用する方法も開示されている。また、障害の診断および処置に有用なペプチド配列を同定する方法、ならびに障害、例えばセリアック障害の診断および処置のためにペプチド配列を使用する方法も開示されている。特定の態様において、基板およびアレイは、ポリマーまたは生体分子の合成および付加のための多孔質層を含む。
標的タンパク質上の相互作用部位を特性決定する方法 // JP2015508643
本発明は、哺乳類細胞の表現型(致死表現型以外および/または増殖低下表現型以外の表現型など)を調節する標的タンパク質上の相互作用部位を特性決定する複数の改善および統合された方法に関する。本発明のそのような方法は、哺乳類細胞のそのような表現型を調節する標的タンパク質を同定する方法、および随意に、この標的タンパク質上の相互作用部位を特性決定する方法を含む。そのような同定方法および特性決定方法は、研究手段および/または治療法(そのようなタンパク質/ペプチドまたは小分子を用いる治療法など)の開発において有用である。したがって、本発明は、以下の方法にも関する:そのような標的タンパク質に結合するリガンド(小分子リガンドなど)の同定;および哺乳類細胞の上記表現型の調節剤の候補化合物の同定。本発明はさらに、特定のアミノ酸配列を含むペプチドまたはタンパク質(あるいはその断片、変異体および/または誘導体)、そのようなペプチドまたはタンパク質をコードする核酸、ならびにそのようなペプチドまたはタンパク質の使用またはそのような核酸の使用に関する。
【選択図】図10
スコアリング技術を用いて核酸コンストラクトを操作するためのシステムおよび方法 // JP2015507236
【課題】本発明は、遺伝子操作された核酸コンストラクトの構築など、合成生物学的適用に用いられる試行錯誤を繰り返すアプローチの費用を低減し、速度を増大するシステムおよび方法を提供することを目的とする。
【解決手段】本発明は、生物の遺伝子座Lに組み込むための核酸コンストラクトを定義するためのシステムおよび方法を提供する。また、本発明は、核酸リクエストが受け取られると、このようなリクエストのそれぞれは、Lに対する遺伝子変化を特定し、構成要素ポリヌクレオチドに拡大され、この構成要素ポリヌクレオチドは、{AR,…,AR}の異なる配置に配置され、{AR,…,AR}中のそれぞれのARは、構成要素ポリヌクレオチドの異なる配置を定義するシステムおよび方法を提供する。
【選択図】なし
低減した免疫原性を有するフィブロネクチン結合ドメイン // JP2015504038
低減した免疫原性と関連付けられる新規デザインを有するフィブロネクチンIII型(10Fn3)結合ドメインを提供する。本願は、宿主生物による自己抗原としての認識を維持するために、結合物質を作製する際に、一定の免疫原領域を修飾しない、代替的10Fn3結合ドメインを記載する。本願は、HLAアンカー領域が破壊されていて、それにより、隣接領域の免疫原性寄与が低減している、10Fn3結合ドメインも記載する。所望のターゲットに高アフィニティで結合することができる修飾領域の新規組み合わせを有する10Fn3ドメインも提供する。
Dnaコード化ライブラリを作製およびスクリーニングする方法 // JP2015213509
【課題】生物学的標的に結合する1つまたは複数の化合物を同定するための多数の方法の提供。【解決手段】DNAコード化化合物ライブラリをタグ付けする方法であって、(a)イニシエーターオリゴヌクレオチドの5'端に二官能性リンカーの第一の官能基を結合させる段階であって、前記二官能性リンカーに結合した前記イニシエーターオリゴヌクレオチドがヘアピン構造を形成する、段階;および、(b)該二官能性リンカーの第二の官能基を該化合物ライブラリの成分に結合させる段階を含み、該二官能性リンカーまたは該イニシエーターオリゴヌクレオチドが、有機条件下で該DNAコード化化合物ライブラリのメンバーの溶解度を上昇させるように修飾される、方法。【選択図】なし
産生宿主における抗体/タンパク質パフォーマンス及び発現の同時で統合された選択及び進化 // JP2015211672
【課題】単一システムにおいて製造することを目的とした、真核生物宿主における治療用タンパク質及び抗体産生及び/若しくは選択、進化及び発現を統合する方法の提供。【解決手段】真核細胞産生宿主における抗体の進化及び発現の方法であって鋳型抗体を選択する工程と鋳型抗体を進化させる工程と変異抗体をスクリーニングする工程と変異抗体からアップ突然変異抗体を選択する工程とアップ突然変異抗体を発現させる工程を有する方法。【選択図】なし
フィブロネクチン3型ドメインに基づくスカフォールド組成物、方法及び使用 // JP2015205897
【課題】熱安定性を有するタンパク質スカフォールドのライブラリの構築方法の提供。
【解決手段】特定のアミノ酸配列に少なくとも90%同一性を有するフィブロネクチン3型(FN3)ドメインの共通配列に由来するポリペプチドを提供する工程、及び該ポリペプチドのコピーに多様性を導入し、タンパク質スカフォールドライブラリを形成する工程を含む、タンパク質スカフォールドのライブラリの構築方法。
【選択図】なし
磁性ナノ粒子、磁性検出器アレイ、および生物学的分子の検出におけるそれらの使用方法 // JP2015163882
【課題】生物学的分子の検出における磁性ナノ粒子およびそれらの好感度な使用方法を提供する。【解決手段】少なくとも1つの磁化可能ナノ粒子に共有結合している第1の分子を提供する工程;基体に共有結合している第2の分子を提供する工程;該第1の分子の該第2の分子への選択的結合に適する条件下において、該第1の分子を該第2の分子と接触させ、複合体を形成させる工程;および該複合体を検出する工程を含む。磁性ナノ粒子は核酸分子に連結することができ、続いてスピンバルブ検出器または磁気トンネルジャンクション検出器のような検出器に連結している相補的配列により捕捉される。結合した磁性ナノ粒子の検出は、高い特異性および感度で達成できる。【選択図】図2A
Ptfe様のアルミニウム・コート・ガラススライド上のグリカンアレイおよび関連する方法 // JP2015135332
【課題】アルミニウム・コート・ガラススライドによって、新規なグリカン・アレイ・プラットフォームを提供する。
【解決手段】前記アレイが、アルミニウムコート透明固体基材またはPTFE様アルミニウムコート透明固体基材の上に固定化された炭水化物のアレイであって、アルミニウムコート透明固体基材の表面上の別々の位置に固定化された複数の炭水化物を含み、(a)前記固定化された炭水化物の質量分析法による特徴づけを実行するために、および(b)前記炭水化物と前記炭水化物を特異的に結合する可能性がある分子との間の結合反応の分析を実行するために好適である、炭水化物のアレイ。
【選択図】なし
下等真核生物中での組換えタンパク質の表面ディスプレイ // JP2015130868
【課題】酵母及び糸状真菌などの下等真核生物の表面上に組換えタンパク質又はタンパク質ライブラリーをディスプレイするための方法の提供。【解決手段】(a)第一の結合部分に融合された細胞表面係留タンパク質を含む捕捉部分を発現する宿主細胞を準備する(b)前記細胞表面係留タンパク質に融合された前記第一の結合部分と特異的に相互作用することができる第二の結合部分に融合されたタンパク質をコードする核酸で前記宿主細胞を形質転換する(c)前記宿主細胞の前記表面上にディスプレイされているタンパク質へ特異的に結合し及び前記宿主細胞の前記表面上にディスプレイされていないタンパク質に結合しない検出手段と前記宿主細胞の複数を接触させる(d)前記検出手段が結合している宿主細胞を単離することを含む、方法。【選択図】図1
方法及び組成物 // JP2015109856
【課題】 ファージ粒子を含む複合体を提供すること。【解決手段】 本発明は、ファージ粒子を含む複合体であって、(i)ポリペプチド、(ii)(i)のポリペプチドをコードする核酸、(iii)上記ポリペプチドに結合した連結化合物を含み、上記連結化合物は、少なくとも3つの異なる共有結合により上記ポリペプチドに結合している、上記複合体に関する。本発明はまた、ライブラリー、複合体を作製する方法、及び該複合体を用いたスクリーニング方法にも関する。【選択図】図1
コンパートメント化スクリーニングによる選択 // JP2015092164
【課題】新薬開発のためのリードとして機能できる分子の大きなレパートリーをスクリーニングすることを可能とする。【解決手段】生化学系の標的成分に結合する、または標的の活性をモジュレートさせる化合物を識別するための方法であって、a)任意の1つのマイクロカプセルにおいてレパートリーのサブセットのみが複数のコピーで示されるように、化合物を標的と一緒にマイクロカプセルにコンパートメント化するステップと;b)標的に結合する、または標的の活性をモジュレートさせる化合物を識別するステップとを含む方法。本発明は、新薬開発のためのリードとして機能できる分子の大きなレパートリーをスクリーニングすることを可能とする。【選択図】図2
コフェロンならびにその作製および使用方法 // JP2015063532
【課題】治療的化合物の調製に有用な単量体の提供。【解決手段】300μM未満の解離定数で標的分子に結合し得る多様性要素、及び500ダルトン未満の分子量を有するリンカー要素であって、前記リンカー要素が、直接的に又は接続部を介して間接的に前記多様性要素に接続し、かつ生理的条件下で、補因子とともに、又は補因子なしで、300μM未満の解離定数で、他の単量体上の結合パートナーリンカー要素と可逆的な共有結合又は非共有結合性の相互作用を形成することができる単量体で、リンカー要素は、カルボニル基に対するα‐、β‐、又はγ‐ヒドロキシ基を有する脂肪族化合物であり、それによって前記リンカー要素及びその結合パートナーが、結合すると6又は8員のジヘミアセタール環又はジヘミケタール環を形成し、前記リンカー要素は特定のものより選択される単量体。【選択図】なし
創薬に有用な大環状化合物ライブラリーのコンビナトリアル合成 // JP2015057390
【課題】広範な大環状化合物の製造方法の提供。【解決手段】生物学上重要な構造を有する広範な種類の大環状化合物の製造に用いることのできる方法、及び2〜5のビルディングユニット、1〜4のアミノ酸、及び分子の全体の形状を制御するテザー鎖を組み込んだ大環状化合物のライブラリー。前記化合物はスクリーニングアッセイの実施、又は医薬上注目されるその他の化合物の合成のための中間体として有用である。また、コンビナトリアル様式での製造方法。【選択図】図1
ジスルフィド結合形成のための改良された方法 // JP2015037419
【課題】分子間ジスルフィド結合の形成方法に関し、この方法で用いられる(ポリ)ペプチド/タンパク質、核酸、ベクター、宿主細胞、及びバクテリオファージ。バクテリオファージ粒子の表面への(ポリ)ペプチド/タンパク質の向上されたディスプレイのための方法の提供。【解決手段】第1の(ポリ)ペプチド/タンパク質が、バクテリオファージ粒子のタンパク質コートの構成要素であり、第2(ポリ)ペプチド/タンパク質が、免疫グロブリン又はその機能的断片を含み、両者のシステイン残基の間でジスルフィド結合を形成する方法。【選択図】なし
選択的結合表面を有するフィブロネクチンiii型反復ベースのタンパク質スカフォールド // JP2014530014
選択的結合表面設計を有するフィブロネクチンIII型(FN3)反復ベースのタンパク質スカフォールド及びスカフォールドライブラリ、タンパク質スカフォールドをコードする単離核酸、ベクター、宿主細胞、並びにそれらの作製方法は、治療用分子の生成、並びに疾病及び疾患の治療及び診断に有用である。
Dnaコードライブラリーをタグ付けするための方法 // JP2014528713
本発明は、オリゴヌクレオチド-コードされたライブラリーおよび該ライブラリーをタグ付けする方法に関する。特に、前記方法およびオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2'-置換ヌクレオチド、例えば2'-O-メチルまたは2'-フルオロヌクレオチド、および酵素的ライゲーションを増強する他の条件もしくは試薬、または化学的ライゲーションを支持する1つ以上の化学官能基を含むことができる。
ウィッティヒ反応によるγ,δ−不飽和アミノ酸の汎用的な立体特異的合成 // JP2014527539
本発明は、一般式(I)のγ,δ−不飽和α−アミノ酸に関する。本発明は、ウィッティヒ反応を必要とする前記式(I)の化合物の立体特異的合成のための汎用的な方法にも関する。本発明は、化合物(I)の合成に関わる以下に示す一般式(II)および(III)の中間生成物にも関する。
【化1】


【選択図】なし
自動試料操作器具、システム、プロセス、及び方法 // JP2014526687
本発明は、生物学的試料を自動的に処理するための処理ステーション、生物学的試料操作又はアッセイ器具内の消耗品の自動リアルタイム在庫管理のためのシステム、生物学的試料を処理するための高処理量ランダムアクセス自動器具、試料を処理又は分析するための自動器具、並びに自動ムコイド検出及び除去のためのプロセスを提供する。開示される器具を使用する方法、ムコイド検出プロセス、並びに試料を処理及び/又は分析するためのシステムも開示する。
生成流体の流動制御方法 // JP2014524486A
本発明は、研究施設の触媒装置の液体フィードの触媒水素化で得られる生成流体ストリームを制御する方法に関する。液体フィードは、不純物として、硫黄及び窒素含有化合物を含む炭化水素が好適である。水素化は、不純物を硫化水素に変換させることに有用であり、かつこの状態でのアンモニアを、液体フィードの他の構成要素から容易に分離させることに有用である。生成流体ストリームは、不活性ガス流に接触させられ、不活性ガスの流量は、生成流体ストリームの流量の倍の流量である。反応領域の外側の領域のライン中における沈殿物の形成は、本発明に係る方法によって効果的に抑制される。
流体を処理するためのシステム及び方法 // JP2014521354
流体試料を処理するためのシステム及び方法を開示する。流体試料の処理は、一連のマイクロ流体バンプアレイを用いて達成され、生物学的試料由来の粒子をソートし、これらの粒子を溶解して全RNA又はDNAを露出させ、当該RNA又はDNAを精製し、当該RNA又はDNAを化学修飾又は酵素修飾により処理することにより、サイズに応じてRNA又はDNA分子を選択し、或いは任意により配列決定ライブラリーを生成するための自動化及び統合型システムを含む。本配列決定ライブラリーは次世代配列決定(NGS)に適している。
【選択図】図10
転写活性化因子様エフェクターの組立て方法 // JP2014521317
本開示は、1個もしくは複数の転写活性化因子様エフェクター(TALE)リピートドメインおよび/または1個もしくは複数のTALEリピートドメインのうち1個もしくは複数の部分を含む第1の組をコードしている配列を有する第1の核酸を用意するステップと;第1の核酸を第1の酵素と接触させ、第1の酵素が第1のライゲーション可能な末端を形成するステップと;1個もしくは複数のTALEリピートドメインおよび/または1個もしくは複数のTALEリピートドメインのうち1個もしくは複数の部分を含む第2の組をコードしている配列を有する第2の核酸を用意するステップと;第2の核酸を第2の酵素と接触させ、第2の酵素が第2のライゲーション可能な末端を形成し、第1および第2のライゲーション可能な末端が対合可能であるステップと;第1および第2のライゲーション可能な末端を介して第1の核酸と第2の核酸とをライゲーションして第1のライゲーションされた核酸を作製し、第1のライゲーションされた核酸が固体支持体に連結され、第1のライゲーションされた核酸が前記第1および第2の組を含むポリペプチドをコードするステップとを含む方法について記載する。
ビーズまたは粒子ベースのライブラリーを用いた複合体液中でのバイオマーカー発見、並びに診断キットおよび治療法 // JP2014515739
本発明は、他の疾患または病状に関連するバイオマーカーのスクリーニングにおいて有用である。疾患および病状は、神経疾患、自己免疫疾患、および癌のほか、抗体または他の特徴的なタンパク質などのバイオマーカーまたは疾患または疾患の進行に関連したバイオマーカーを有する他の疾患および病状にも及ぶ。適切な実験条件の下で、本明細書に列強された処理にしたがって、本発明の大型リガンドライブラリーを体液で直接利用し、より少ない支持構成要素(例えば、約100,000以下)を使用する必要なしに、あるいは体液をスクリーニングする前にペプトイドまたはリガンドをマイクロアレイに移す必要なしに、マーカーをスクリーニングできる。さらに、特定細胞表面マーカーに特に関連する細胞ベース受容体に関するスクリーニングにも、リガンドライブラリーを使用してもよい。
補完された配列決定によって抗生物質標的を同定する方法 // JP2014515615A
細菌において抗生物質標的として機能する必須遺伝子を同定する方法であって、(a)前記細菌の抗生物質耐性変異体を、前記抗生物質の存在下での増殖について選択を行って抗生物質耐性変異体クローン(Ab変異体)を得るステップを含む方法によって生成するステップと、(b)(i)前記細菌の1つ又は複数の必須遺伝子と、(ii)細菌DNAを挿入により不活性化するトランスポゾンと、でAb変異体を形質転換して、前記1つ又は複数の必須遺伝子について部分二倍体であるトランスポゾン変異体のプールを得るステップと、(c)種々の量の前記抗生物質の存在下で部分二倍体プールから細菌を増殖させて2種以上の試験培養物を得るステップと、(d)試験培養物間でトランスポゾン挿入の分布を比較して、前記細菌において前記抗生物質の標的として機能する推定必須遺伝子を同定するステップと、を含む方法が開示される。
【選択図】図1
 
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